晋元帝司马睿，琅玡王司马觐之子，东晋王朝的开国皇帝。他建立东晋，偏安东南一隅，使晋朝又延续了100多年。不过东晋一开始就国势衰微，只是勉力支撑半壁江山。司马睿在位期间，权臣干政，他无力揽权，最终无功可言。
年仅35岁的司马觐在太煕元年就死了，时年15岁的司马睿作为儿子就承爵为琅玡王。在惠帝司马衷即位后，外戚、皇室争权斗争惨烈异常，到处都是动乱，人心惶惶。司马睿一没兵，二没无权，在庞大的司马氏家族中可以说是身份低微，这样的大背景下司马睿只能忍住，他低调做人，隐匿锋芒，明哲保身。
八王之乱后期，司马邺依附于与琅邪国相邻的东海王司马越，与司马越手下参军、世家子弟王导结交。后来八王之乱结束，司马越杀其他诸王，一支独大，司马睿也跟着保全自己。而他结交的王导，后来成为他帝王大业的得力助手。
王导这个人出身于琅玡郡的世家大族，是个很有远见的人。王导看到西晋战火纷飞，诸王自相残杀，人民起义不断，整个政权摇摇欲坠，而司马睿为人平易谦恭，是个有才干的人，所以一直在劝司马睿早点回到自己的封地——琅邪，在琅琊好好的呆着，看清楚天下局势，谋划大业。司马睿采纳了王导的意见，回自己的封国琅琊。
元熙四年，司马睿趁着匈奴汉主刘渊起兵进攻中原，形势恶化，就采用王导的计谋，请求司马越让他镇守建康。此时的司马越已经独揽了朝政大权，但是四处战乱加上朝中反对之声使得他忙得团团转。司马越打算在江南培养势力，作为以后自己的后方根据地。现在听到司马睿的请求，就很高兴的同意了。于是任命司马睿为安东将军、都督扬州江南诸军事，镇守建康。
司马睿去江东的时候，赶上了北方战乱不断，大批的百姓向南迁徙躲避战事。所以跟着司马睿来将年的，有一些流民，也有不少支持他的北方贵族。。而密友王导，也作为安东司马，随他一起来此共同谋事。司马睿的大业从这才开始打基础。
司马睿一行人到了建康后，行事并不顺利。他为人低调，没什么威望，当地人根本瞧不上他，所以他来到扬州很长时间，连个来拜见的人都没有。魏晋以来，朝廷都是靠世家维持的，如果没有江南士族的支持，司马睿很难在江南立足。没人支持的司马睿处境十分尴尬，所以他就和王导商量，怎么打破这样的局面，怎么才能立威，遂取得这些江南大家世族的拥护。正巧王导有个堂兄叫王敦，是扬州刺史，也很有谋略。王导就把他找来一同商议此事，最后商定借用王敦的军队为仪仗，来彰显大将军的军威。
三月三日上巳节，是江南人的的重要节日，上至达官贵人，下至平头百姓，都要到江边祈福消灾。这一天，大批人马鸣锣开道，在王导、王敦及许多名流绅士恭敬地簇拥下，在侍从骑着高头大马地护卫下，司马睿乘坐豪华的肩舆从人群中招摇而过。见到这个这阵仗，当地大族豪绅很吃惊，纷纷跪在地上迎接。随后，王导就把他们召集一起，隆重介绍大将军司马睿。建康的豪族听后，都表示愿意支持司马睿。
在王导的建议下，司马睿又挑选当地世家大族的头面人物顾荣、贺循等到军中和官府任职，于是就有更多江南世族拥护司马睿。而那些跟随司马睿从北方迁来的世家贵族及其宗族、部属、佃农等，也享有特殊优待。在保证世家大族利益后，这些世家大族自然会支持司马睿。
这样，司马睿就得到南北世家大族的共同拥护，终于在南方站稳了脚跟。南方物产富饶，经济繁荣，又有天堑长江作为军事防卫，在这样优越的条件下，司马睿稍微一治理，就很见成效。随着附近几个郡的人才都来投奔，司马睿的名声就渐渐传开。地方官僚的大力拥护，也为东晋政权奠定稳固的基础。
西晋建兴四年十一月，晋愍帝司马邺被围攻长安，无奈之下只能向匈奴军投降，随后被押往平阳，西晋灭亡。
公元317年三月，司马睿即晋王位。一年后，晋愍帝司马邺的死讯传到建康。在百官簇拥下司马睿，正式登上帝位，国号仍然为“晋”，史称“东晋”，定都建康，改元太兴。司马睿就是东晋的开国皇帝，是为晋元帝。
司马睿即位后，因为在皇族中声望不够，势单力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。但是，他重用了王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政。时人谓之“王与马，共天下”。司马睿的朝政离不开王家，这也导致后来王氏的专权。
司马睿的朝政稳定后，发展生产，恢复经济是首要的事情，第二件大事就是出师北伐，把匈奴侵占的土地再夺回来。当时黄河流域仍然是各个少数民族割据和统治，连年战乱，政权也换得特别快。生活在水深火热之中的百姓，都盼着东晋北伐，重新统一。可惜，司马睿对北伐并不积极，毕竟经历几十年战乱，现在在这相对稳定的环境下，司马政权并不像再去打仗了，他们想好好享受江南的安逸和奢华。司马睿自己虽然相国要去北伐，但是他这人意志力不够坚定，所以就没有付诸行动，整个东晋王朝都是一股子的奢靡颓废。
不过，中原自古以赖还是有少数爱国志士的，他们不甘心忍受国家残破的局面，挺身而出，立志要驱走敌人，收复失地，祖逖就是其中的一个。从西晋永嘉七年开始，祖逖就上书请求北伐，不过却一直没有得到批准。当了皇帝的司马睿也是多次收到他的上书，请求北伐，加上如今北方的百姓都期盼着晋室北伐，司马睿不好再驳斥，就给了祖逖一个豫州刺史的头衔，1000人的口粮，3000匹布，让祖逖自己招募人马北伐。祖逖没有人，也没有装备武器，但是他不气馁，他毅然带着同僚、家丁等几百人过江北上，直到后来才招募到几千人。北伐顺应民心，祖逖进军也十分顺利，他多次打败匈奴石勒的部队，将黄河以南的大片土地都收复了。
祖逖的胜利并没有让司马睿欣喜，反而觉得祖逖会功高震主，威胁皇权。所以，司马睿任自己的亲信戴渊为征西将军，名义上是协助祖逖讨伐胡虏，实际上就是专门牵制祖逖的。此时祖逖正要渡过黄河，继续收复冀州和朔州。可惜，戴渊这人既无能又自大，他知道自己是一个皇帝的眼线，皇帝用他来牵制住祖逖，就处处与祖逖作对，最终导致北伐失败。祖逖忧愤成疾，病死军中。
司马睿这个皇帝也没有实权，政治上有王导，军事上有王敦。司马睿完全信任王导，叫他“仲父”，把他比作自己的“萧何”。王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方士民，与人为善。司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮；四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。另外，王家在南朝时期出了八位皇后。
王导虽然专权，但对他还比较忠心，而王敦却野心勃勃，逐渐威胁到他的地位。王敦本来就是皇亲国戚，西晋武帝司马炎的女儿襄城公主是他的妻子。他如今又帮助司马睿称帝，成了东晋的开国功臣，并由此身居要职，手握重兵。他独揽大权后，野心就越来越大。
大权旁落引起司马睿极大的不满，对此感到恐慌，就与刘隗、刁协、戴渊等人商量要除掉王敦。王敦得到消息，立刻起兵进驻建康，打败刘隗，又杀了刁协、戴渊。吓得司马睿赶紧去向王导求情。后经王导从中斡旋，王敦才耀武扬威地退回驻地武昌。
在王敦攻入建康时，智勇双全的太子司马绍率军奋勇抵抗。王敦觉得太子不能留，于是诬陷太子不孝，以此来废太子。可是，司马绍也不是吃素的，他很得人心，朝臣多是拥护。没办法，王敦只能放弃废太子，回到武昌。回到武昌的王敦还是继续远程遥控着朝政，朝中所有重要的之位一步一步的被他安排上王氏子弟和自己的亲信。全国的兵权也由他把持，他亲自统领宁州和益州，而兄弟王邃则掌管青州、徐州、幽州和平州军事，王含总领荆州地区军事。
司马睿眼看着王敦骄横专权，却无可奈何。永昌元年闰十一月，司马睿忧愤成疾病，不久亡故，终年47岁。葬于建平陵，谥号“元皇帝”庙号“中宗”。他在位5年，软弱无能，没有什么政绩。
