(一)廓尔喀撇退
直至清军开赴中尼边界，尼泊尔已经大部分撤回到尼边界一边。但是福康安谨遵乾隆帝所制定的目标，一鼓作气攻至加德满都附近。由于地理、气候等原因，乾隆帝、福康安等及时地中止了战争。
但是战争的艰难程度、后勤补给的困难、气候的恶劣等因素还是出乎了乾隆的预料，并直接促使乾隆开始怀疑最高战略目标达成的可能性。
而另一方面，廓尔喀对战争的判断和战略目标的制定却一直很模糊，廓尔喀劫掠扎什伦布寺后，除了在聂拉木、济咙等处派有驻军以外，大部分军队撤回到了尼泊尔境内。从乾隆五十六年九月上旬廓军从扎什伦布地方撤退直到当年年底，廓尔喀都认为清军不会大规模介入此次冲突。
廓尔喀产生这样的判断是基于第一次中尼战争中,清廷并没有很大程度地介入战争，让廓尔喀方面误以为自己只要不跟清廷有直接的冲突，清廷是不会过多地介入其与西藏地方的冲突之中的。真正使廓尔喀意识到事态的严重性是在成德带领大军与廓尔喀第一次交锋的时候。
乾隆五十六年十二月二十八日，成德率领大军进攻聂拉木北三十余里的拍甲岭地方，经过激战，清军获得了“歼戳杀死贼匪二百余名，生擒七名，抢获枪刀器械甚多”的战绩，这次交战是自1789年第一次中尼战争以来，廓尔喀军队第一次与清军交锋。
乾隆五十七年正月初二开始，成德率兵进攻聂拉木，至二十四日，攻下聂拉木，生擒玛木萨野之侄等五名头人。面对之前交锋的藏兵，廓尔喀认为西藏地方的军事实力不堪一击,而此次与清军的交锋使其第一次意识到了清军的战斗力，这也迫使廓尔喀快速地调整了战略企图以服软甚至投降的低姿态来避免战事的进一步扩大。
同时，廓军准备不足也是其战略目标改变的重要原因之一。
首先，廓尔喀的大部分作战军队以及作战能力最强的军事将领，比如甲格吉特.潘德、阿玛尔.辛格.塔帕都在尼泊尔西部地区，这支军队此时正在开展对加尔瓦尔地区的征战；
其次，在尼泊尔的东部地区，尼泊尔军官迪欧.达塔.塔帕和普拉提曼.拉纳所率领的另外一支军队也在锡金地区作战。
面对清军来势汹汹的气势，而廓军部分军队无法集中精力应付清军的进攻，廓尔喀方面主动释放了和谈的信号，将此前扣押的清军士兵范忠释放回西藏。面对廓军释放的和谈信号，乾隆帝依旧坚持“痛加歼戮方可以使之畏惧”的战略目标不动摇。
乾隆五十七年正月二十二日，阿桂字寄福康安:“奉上谕，此番廓尔喀遣范忠回藏，竟有乞降之意。福康安应鼓勇进剿，严词驳后,不可遽准所请，致贼匪无所惩创，将来又滋事端”。面对清军毫不妥协的态度，廓尔喀方面开始加强边界地区的防御工事，以作殊死抵抗。
(二)清军向廓尔喀进攻
随着福康安到达西藏，按照乾隆的指示要求，基本调查清楚了第一次中尼战争中巴忠强迫西藏地方与廓尔喀媾和、欺君瞒上等一系列事实。随后，惠龄、海兰察等相继率兵到达，至此清军的战斗部署已经基本完成,从清军的战略部署来看，乾隆对此次中尼战争志在必得。这也能从其对福康安的嘱托中看得出来。
二月二十八日，阿桂字寄福康安:“奉上谕，聂拉木官寨贼匪不过株守一隅，尚负固守。况阳布系其巢穴，福康安统兵进剿，仍寓慎重之意。至廓尔喀遭人乞降,务须加意防范不可堕入前次贼匪诱致丹津班珠尔之计。另福康安差人晓谕西尔噶斯萨野等止可藉以离间。总当荡平廊尔喀，不留一头人，以为一劳永逸”。
二月三十日，阿桂字寄福康安:“奉上谕，沙玛尔巴喇特巴都尔等寄信噶布伦等，欲传播廓尔喀本欲与藏内和息，天朝转不肯听从之意看，此次不可不直抵贼境捣穴，更不可留廓尔喀头人一人方为上策”。
三月十一日，和珅字寄福康安:“奉上谕，著传谕福康安，务须坚持定见，攻捣阳布贼巢。着只图一时迁就受降，贝业经檄令之布鲁克巴、哲孟雄等部落必转为廓尔可所用，贻事后滋扰之累”。
五十七年四月十八日，阿桂字寄福康安:“奉上谕，倘福康安审度情势，实有万难进取之势，或可与贼匪打几次胜仗后，令其畏威服罪，不敢再提银两永远不犯边界，亦完事之一法”。此处乾隆只为行军以前达成最低战略目标的托底，保证福康安在战前能够按照战争态势自发决定，正如谕旨中所说:
“若实有万难进取之势，必不得已亦只可豫作退步，以完此局。想福康安等久历戎行，素贤军旅，亦断不肯坐失事机，特联思虑所及，诚恐事在两难，临期降旨，谕令遵办，未免缓不济急，关系匪浅，是以豫为指示，使福康安等得有把握至临几应变，当进当退，总在福康安等酌量事机，计出万全也”。
从此后的乾隆对进军方略、战略目标等的谕令和态度来看，乾隆还是坚持之前的策略。攻下聂拉术以后，福康安自前藏率领大兵前来与鄂辉、成德汇合。前经乾隆布置，福康安留总兵穆克登阿、乾清门侍卫永德带领金川屯番及屯练六百名、藏兵二百名，分拨各路设卡防守。
乾隆五十七年五月初七日，清军行至擦木地方，初八日，主力军队到达玛噶尔辖尔甲地方，五月初十，清军清军攻下济咙，收复全部失地。一个月后，乾隆接到福康安战报，仍嘱咐福康安“此时贼匪连次败窜，又经官兵歼擒千余名之多，自己闻风胆落，日就夯蹙。
或喇特纳巴都尔都萨野等自知罪在不赦，差人前赴军营递禀乞降，亦未可定。但受降完事系万不得已之办法。现在大兵连次克捷，所向披靡，功在垂成，谅福康安等必力图上策也”。
克复济咙以后，福康安选择从济咙一线进入廓尔喀,聂拉木-线只是作为辅助。五月十五日，清军进攻中尼边境的热索桥。攻下热索桥后，清军继续沿着吉隆藏布进攻，先后拿下协布鲁、东觉、雍鸦，由于后勤补给、兵员减少等方面的原因，福康安命大军在雍鸦一带进行修整。
休整期间，六月十五日，廓尔喀方面释放了王刚、第巴塘迈、丹津班珠尔的侍从多尔济诺尔布、塘迈的侍从果戲等四人，并致信福康安及官兵以求和解。面对清军咄咄逼人的态势，此时廓尔喀王子拉纳.巴哈杜尔.沙阿已经逃至印度、巴哈杜尔.沙阿则一改傲慢，主动释放丹津班珠尔，要求与清军快速达成和解。
与此同时,巴哈杜尔.沙阿还不忘向东印度公司寻求军事援助。福康安面对廓尔喀的求和，提出让出雍鸦山梁，将附近山上的廊军撒回，拉纳.巴哈杜尔.沙阿和巴哈杜尔.沙阿亲率大头人前来吁恳；
所掠扎什伦布寺财物交还，交出藏廓私立的合同，不许再提赎银之事等五条意见，从福康安向乾隆所奏的措辞中，福康安还是坚持既定的战略目标要生擒拉納.巴哈杜尔.沙阿和巴哈杜尔.沙阿两人的，因此才会提出如此苛刻的条件。
在明知廊尔喀方面不会同意的条件下，福康安继续向前进军，攻下木城石卡，并在堆补木山下的帕朗古地方与廓军展开激战，其间参赞台斐英阿、阿满泰、墨尔根保、英贵、棍德依、张占魁等将领阵亡。
而在聂拉木一线，成德率军攻下扎木、铁索桥等要隘，并攻至利底山。廓尔喀面对如此危急的局面，更是仓促求和。七月八日，廓尔喀方面致信福康安，答应了福康安所提条件中的四条，拉纳.巴哈杜尔.沙阿和巴哈杜尔.沙阿两人并不敢来大营求和。
八月八日(1792年9月23日)，廊尔喀遣大头人第乌达特塔巴等四人，带着禀文及呈献皇帝的表文，请求再度归诚清廷，并承诺向清廷五年一贡。八月十九日，廓尔喀王子再向福康安具禀:廓尔喀永远遵奉约束，不敢丝毫滋事。
不丹西藏许银之语不敢再提一字，即如济咙向来有给予鹰马之例,亦永远不敢索取....从前私立合同内所写扎木归给廓尔喀之语，实属不知分量，今情愿仍属西藏。
五十七年八月初九日，和珅字寄福康安:“奉上谕，藏内九月后，冰雪封山，军需无由挽运。著传谕福康安如己捣穴擒渠，固属上策，否则能令拉特纳巴都尔巴都尔萨野亲自来营，福康安带同进京亦属中策，倘其遣头人如玛木萨野等来军营，福康安亦即送京办理受降一法”。
八月二十一日，福康安班师回藏。八月二十二日，在接到福康安七月初九日自前线发出的奏折时,福康安在战略目标上仍坚持乾隆之前初定的战略目标:“臣等身当巨任，虽贼匪畏惧乞哀，断不敢遽存将就了事之见，上负委任深恩。
现在官兵深入贼境，已有七八百里，整顿兵力，另图进取”，乾隆在此封奏折上朱批:“天气已凉，恐致雪阻，凯旋为是。余有旨”。随后，在内阁奉乾隆旨意发给福康安的信中:“奉上谕，接到拉特纳巴都尔来稟，自行认罪”。
从乾隆战略目标的变化来看，“藏内九月后，冰雪封山，军需无由挽运”才是乾隆改变原有战略目标、迅速结束战争的原因之所在。而福康安在八月二十一日，在未有收到乾隆谕旨的前提下，已经由于气候不利、后勤补给困难等原因班师启程回藏。
若不是气候、后勤补给等条件的制约，乾隆还是会极力追求“痛加歼蒙方可以使之畏惧”战略目标中的上策,八月初九日“藏内九月后，冰霄封山,军需无由挽运。
著传谕福康安如已捣穴擒樂，固属上策，否则能令拉特纳巴都尔巴都尔萨野亲自来营，福康安带同进京亦属中策，倘其遗头人如玛木萨野等来军营,福康安亦即送京办理受降一法”。
即使在八月二十二日乾隆命令和珅发给福康安的谕旨中仍寄希望于“若拉纳巴都尔来营,福康安等当好言晓谕遣回如此巴都尔萨野心中不疑或竞亲自到营，即可趁势擒缚”。
