法国启蒙思想家卢梭在其1762年出版的教育学著作《爱弥儿》中发现：儿童不是小大人，她具有独立的不同于成人的生活。在主题创作方面，无论文本内容表现的是怎样的主题内容，《神秘博士》的主题都紧紧围绕儿童进行创作。
于脚踏实地处仰望星空
《神秘博士》不仅是一部成功的儿童电视剧，也是一部科幻电视剧。“科幻”不是点缀与噱头，实现寓教于乐的主题表达效果，科学与幻想是最好的传递载体之一。
借鉴2010年温家宝总理在北京大学与学生共度“五四”青年节时，提出脚踏实地与仰望星空的观点，在科幻儿童电视剧主题表达方式方面，“脚踏实地、仰望星空”则是在立足科学的基础上进行天马行空的幻想创作。
《神秘博士》中主题表现至关重要的创作意象莫过于博士的时空穿梭机塔迪斯，它不仅通过穿越时空这一充满科幻色彩的功能来表现主题，其本身造型是在上个世纪的警用电话亭，就代表科学发展的一段历史。
电视剧的主题表达无法脱离人物和故事。博士的敌人如在眨眼瞬间就会被杀死或带回到过去的哭泣天使、以消灭所有其他种族为终极目的的达雷克、不断升级自身且寻求与其他种族合并升级的赛博人，其形象都与“乌托邦与反乌托邦”密不可分，以上形象又是科学与幻想的产物。
哭泣天使这种生物以“量子态”存在：被观察者看到时就是普通的天使雕像，可当人背过身或者一眨眼，它就会动起来露出狰狞的面孔，把人从自己所在的时间线“抹杀”，并盗取本属于受害者的时间作为能量吃掉。
它的形象与英国工业革命污染密切相关，当年大量燃烧煤炭、石油以及其他废气排放，把硫酸盐、硝酸盐等酸性污染物排入大气，形成酸雨。墓地里的石雕与酸雨形成化学反应，久而久之形成“泪痕”，便是“哭泣天使”的创作原型。
戴雷克的铆钉外形则是参考两次世界大战的坦克炮塔，赛博人的造型参考了美国漫威漫画“钢铁侠”、《星球大战》中的机器人C-3PO和现实中20世纪治疗小儿麻痹的呼吸鼻祖“铁肺”，它不断升级自身的目的也与最初人类以铁皮器官代替肉体的目标相似，即求生意识。
上述《神秘博士》中的角色及其动正是通过科幻元素将对科技的恐惧、反对战争等主题思想表现得淋漓尽致。
综上，主题内容中所阐述的主题“时间之河”正是由博士科技幻想产物塔迪斯为线索引出，博士带着地球和其他各星球同伴穿梭“时间与空间的维度”。
见证“乌托邦与反乌托邦”世界，经历无数大大小小的星球战争形成“反战与和平”理念，战争博士成为拯救世界的英雄，又是受过伤的普通人，“英雄主义与反英雄主义”主题得以呈现，流浪在宇宙数千年之后，踏上漫漫回家路，“血浓于水”的主题则再次升华。
在润物无声中授之以渔
儿童电视剧的主题离不开成年创作者与儿童观众之间关于人生观、世界观、价值观的输出内容，但当下大多数创作者忽略如何将其进行表达和传递。
创作者甚至会低估儿童的个性，缺乏对儿童内心需求的探索，直白说教是一种失败的表达途径，更易使主题和内容易陷入模式化与格局化。
《神秘博士》在通过主题传递实现思想教育的途径方面，除了上文提到的立足儿童本位从儿童内心需求创作，该剧侧重以循序渐进的方式在细节处逐渐深入，当儿童观众被故事情节吸引时，潜移默化的体会叙事内容中表达的主题。
例如上文分析的“反英雄主义”主题，不仅在如新版《人性》等剧集故事里呈现，也在连续几季的人物关系的变化中草蛇灰线般暗示，如第五季到第七季的女主艾米·庞德和博士从幻想中的英雄到亲人朋友的变化。
不仅是迄今为止《神秘博士》中最感人的一条感情线，也向观众尤其是儿童观众传递英雄并非只会乘坐时空穿梭机飞到你身边解救你。
他也是你身边和你共享喜怒哀乐的朋友和亲人。所谓英雄主角也有普通人的七情六欲，每一个普通人也都很重要。
《神秘博士》擅用在对白、独白、人物动作细节方面融入想表达的主题，层层递进的将主题呈现给儿童观众，通过情节推进和情感渲染方式使儿童观众对主题发自内心的理解与认同。
《神秘博士》角色设置：镜像性和变化性
《神秘博士》中的主要角色除了推动故事发展，更重要的是在经典儿童剧中发挥“儿童本位”的作用。
儿童本位的提出源于美国实用主义教育学家杜威的“儿童中心论”观点，在《神秘博士》系列剧中得以体现，除了起到拉近了故事与儿童的心理距离作用之外，也同样给予家长观众在儿童教育方面以启迪。
引领与并肩的思想领袖：博士
男主角博士在儿童剧《神秘博士》不仅是主要人物，也是核心人物及线索人物。
上个世纪六十年代，在ITV（英国独立电视台）抢走BBC（英国广播电视台）百分之八十观众的压力下，英国广播电视台需要创作一档吸引固定观众的节目来确保观众不会换台，这档节目在当时必须足够创新及具有吸引力。
电视总监西德尼·纽曼的团队在确定创作一部穿越时间与空间的伟大冒险故事，讲述科学与历史，既赋予思想又授予教育，亦予人娱乐。
所以向观众展示这场冒险故事的这位主角，必定是点亮这部科幻剧的灵魂人物，其必须从普通人物中脱颖而出，独具特色。撰写第一个故事的特约撰稿人邦尼曾考虑主角是个与蜘蛛作战的微型人，总监西德尼认为这个设定过于俗气又浪费花销。
在团队反复推敲之下，一位外貌与地球人无异看起来博学的老者，被称为博士的外星人便出现在儿童观众面前。
威廉·哈特内尔主演的第一任博士对于儿童观众而言，如家中怪脾气的老爷爷，但眼中闪烁的笑意表现他并非如此，但游历宇宙穿梭时间的他学识广阔。
第一任博士与观众间的共鸣使观众产生主动观看下去的动力，同时彼此的差距又确立其主角地位，观众亦愿意探索其神秘之处。儿童观众跟随第一任博士爷爷与玩具商大战，与致命敌人达雷克玩猫捉老鼠游戏，戏弄罗马君主与蒙古可汗等等，充满智慧的长者的主角设定，使观众作为追随者而走进故事。
1966年，在威廉·哈特内尔主演《神秘博士》第四年，其身体素质已不允许其继续主演下去，但《神秘博士》正处于上升期，于是制片方给主角增添了重生的设定，通过改变身体的每一个细胞来躲避死亡。
帕特里克·克罗顿从威廉·哈特内尔接任博士，第二任博士比第一任博士更加思维犀利、异想天开，帕特里克·克罗顿在主演博士时四十六岁，比当年的威廉·哈特内尔年轻将近二十岁。
从此有了至今正剧里十三位博士演员，外形截然不同，性格各具特色，重生的设定是《神秘博士》成为最长科幻剧最为重要的原因之一，因为其推动剧本人物不断创新与改变，避免观众审美疲劳。
但博士的本质从未改变：对未知充满好奇吸引了儿童观众与博士在故事中一探究竟、和平主义为儿童树立了正确的世界观、从百岁老人到千岁老人却保持童心加深儿童观众对其身份认同感。
《神秘博士》在主角设定与国内同儿童剧相比，最大的不同之处在于主角并非儿童，却处处坚持儿童本位，博士坚持站在儿童立场通过儿童视角来提出观点，采取行动。
博士与儿童处于平等的位置与同一立场，并非传统的成年人与孩子之间的约束者与被约束者，传教士与信徒此类关系，儿童观众本能的站在这位千百岁外星人角度在冒险故事中考虑问题。
由此可见，儿童剧主角未必与观众同龄，但必须与观众同心，《神秘博士》塑造了一位成功的精神领袖，博士既发挥寓教于乐的导师作用，又使儿童在该剧中获得心灵陪伴。
愿望与共鸣的自我镜像：同伴与孩子
在儿童电视剧《神秘博士》中，与观众同龄的儿童角色并非核心角色是人物结构设计的特色之一。
另一创新于其他儿童电视剧作品的特征在于，承起从心理共鸣引导儿童进入故事的并非只有儿童形象，还有主角神秘博士的同伴，他们是职业、成长经历、性格各方面迥异的年轻人，在人设中丝毫没有与儿童视角脱节。
儿童所具有的同伴关系在大众观念里，指年龄相同或相近的儿童之间的一种共同活动并互相协作的关系，或者主要指同龄人之间或心理发展水平相当的个体间交往过程中建立和发展起来的人际关系。
但《神秘博士》中人物关系则突破了同龄同伴的限制，至今博士已有两千五百多岁，与同伴们和孩子在剧中属于典型的忘年交，主要角色间的人物关系亦反映出儿童与家长间打破年龄与辈分进行沟通的美好愿望。
在纪录片《神秘博士：终极博士和终极博士之伴》的采访中，第十二任博士饰演者皮特卡帕尔蒂曾表明同伴的重要性——“如果没有同伴的话第二集可能就没人看了，整部剧就是满足一下新鲜感。”
例如2014年《神秘博士》圣诞特辑中，二十多岁的博士同伴克拉娜在平安夜偶遇屋顶之上的圣诞老人，表明自己长大后不再相信圣诞老人的存在。
而圣诞老人拿出名册查看克拉娜的童年历史：“93年差点进入坏孩子名单，九岁时还相信圣诞老人。”
此处人物设定向西方儿童观众传递即便是成年人的女主也曾是别人眼中的“坏孩子”，也和他们一样相信圣诞老人的存在，角色与观众间有强大的共同联系且与年龄差无关。
因为《神秘博士》构建出一个大格局故事背景，穿越时间与空间、平行世界、与历史名人及不同物种生物打交道，成年人同伴拓宽了儿童行为能力和智商局限。
